Letzte Aktualisierung: 17.10.2017
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Fortbildungsprogramm von biomed austria

Workshop

N° 26 - Arbeiten mit Genomdatenbanken Teil I: Genomdatenbanken

Termin: 2. - 3. März 2018
Fr: 9.00 - 18.00 Uhr Sa: 8.00 - 16.00 Uhr
Veranstaltungsort: BFI Wien, 5. Stock
Anschrift: Alfred-Dallinger-Platz 1
1030 Wien
Gebühr für Mitglieder: € 435,-
Gebühr für Nichtmitglieder: € 590,-
Anmeldeschluss: 7. Jänner 2018
Teilnehmerzahl: 6 - 12 TeilnehmerInnen
Bewertung: 18,5 CPD-Punkte
ReferentInnen: Stefan Coassin, PhD Medizinische Universität Innsbruck, Sektion für Genetische Epidemiologie
Inhalt: Die TeilnehmerInnen erlernen den Umgang mit den drei großen Genomdatenbanken NCBI, Ensembl und UCSC Genome Browser. Vor- und Nachteile jeder Datenbank werden besprochen und praxisnahe Fallbeispiele aus dem Alltag im Labor bearbeitet. Besondere Schwerpunkte werden dabei auf die Auswahl der effizientesten Datenbank für die jeweilige Fragestellung, auf das Zurechtfinden mit den vielen verschiedenen IDs, die dasselbe Gen oder Transkript haben kann, und auf das einfache Herunterladen, Filtern und Verarbeiten von selbst umfangreichen Datensätzen (gefilterte Genlisten, Sequenzen, IDs, etc.) gelegt. Weitere Inhalte sind einfache Sequenzalignments mit BLAST und BLAT sowie Tipps und Tricks, um Downloads aus den Datenbanken auch mit MS Excel bzw. Word und anderen gängigen Computerprogrammen bearbeiten zu können.
Zielgruppe: Biomedizinische AnalytikerInnen aus molekularbiologischen und genetischen Laboren (Schwerpunkt DNA- und Genomsequenzen), Ärzte/ Ärztinnen
Teilnahmevoraussetzung: Grundlegende Computerkenntnisse
Kompetenzerwerb: Die TeilnehmerInnen verstehen den Aufbau, die Unterschiede sowie die Vor- und Nachteile der drei Genomdatenbanken NCBI, Ensembl und UCSC Genome Browser. Sie beherrschen effiziente Suchstrategien und kennen Möglichkeiten, wie man auch ohne Programmierkenntnisse die Datenbankinhalte nach eigenen Kriterien filtern kann, um umfangreiche Abfragen bzw. gezielte Downloads selbstständig durchführen zu können.
Anmerkung: Vortragsunterlagen und Pausenverpflegung (exklusive Mittagessen) sind in der Teilnahmegebühr enthalten. Der Workshop dient als Grundlage für den Workshop "Arbeiten mit Genomdatenbanken Teil II: Genetische Varianten" (Nr. 29).